Mejeriforeningen er knyttet til fonde på tre forskellige måder.

For det første har Mejeriforeningen sine egne fonde, som er nedsat af, og kontrolleret af, Mejeriforeningen. Dvs. at Mejeriforeningen egenhændigt bestemmer og udvælger ansøgere, der skal modtage støtte.

Dernæst administrerer Mejeriforeningen en række offentlige fonde. Disse fonde har bestyrelsesmedlemmer fra flere organisationer og virksomheder. Mejeriforeningen er også repræsenteret i bestyrelsen, men træffer altså beslutninger i fællesskab med de øvrige organisationer, som sidder i bestyrelsen.

I princippet kan de offentlige fondes midler søges af alle, som har projekter, der lever op til fondenes formålsparagraffer.

For det tredje er Mejeriforeningen repræsenteret i bestyrelsen på flere forskellige offentlige fonde.

Mejeriforeningens fonde
Mejeriforeningen har nedsat en række fonde, der primært uddeler midler til forskning og uddannelse.

Offentligt regulerede fonde
Mejeriforeningen administrerer Mælkeafgiftsfonden og Mejerirationaliseringsfonden, der er offentlige fonde.

Andre fonde i mejeribruget
Der findes en række andre fonde i branchen. Disse yder primært støtte til videreuddannelse og studierejser.